Le mode natif d'interaction avec un système d'exploitation comme Unix est le mode console (appelé aussi mode commandes). C'est à partir de la console que l'on passe des commandes ou que l'on lance l'exécution de programmes. L'interface graphique est vu du système d'exploitation comme une application parmi d'autres. Dans le monde Microsoft ceci est resté vrai jusqu'à l'apparition de Windows 95. Le DOS perd alors son statut de système d'exploitation pour être réduit au rôle de simple lanceur de Windows. Il disparaîtra définitivement avec Windows NT et ses successeurs qui disposent de leur propre lanceur.
Pourtant, il restait indispensable de disposer d'une console pour passer des commandes ou lancer des programmes n'utilisant que le mode caractères, ou prenant en charge eux-même leur propre environnement graphique. Parallèlement, par soucis de compatibilité, Microsoft devait offrir la possibilité d'exécuter sous Windows les applications écrites initialement pour le DOS, y compris les fameuses commandes DOS. Ce problème a été résolu en faisant d'une pierre deux coups, par création d'une application Windows spécifique, la fenêtre DOS (boîte DOS sous OS2) ou DOS émulé.
Si cette fenêtre DOS permet d'assurer la compatibilité avec le passé c'est aussi une console à part entière. Certaines commandes, les commandes réseau par exemple, sont bel et bien des commandes pour Windows et n'ont rien à voir avec le DOS. Toutefois, puisque ces pages sont consacrées au DOS, c'est le terme DOS émulé qui a été retenu afin de pouvoir l'opposer au terme DOS natif.
Lorsque Windows est actif on peut avoir accès à une ou plusieurs fenêtre DOS. Tout se passe apparemment comme si l'on travaillait en DOS mais il s'agit d'une application Windows et donc d'un DOS émulé puisque l'on est sous le contrôle total de Windows. Cette situation présente à la fois des avantages et des inconvénients.
Côté avantages, on va pouvoir exécuter des applications DOS ou lancer des commandes purement DOS tout en restant sous Windows, la fenêtre DOS n'étant qu'une des applications ouvertes à un moment donné. Une fenêtre DOS se matérialise par une fenêtre au même titre que toute application Windows.
Toute médaille ayant son revers, une fenêtre DOS ne permet pas de tout faire. Il existe des applications conçues spécifiquement pour le DOS, souvent anciennes, qui gèrent directement certaines ressources matérielles et qui donc ne fonctionnent pas ou ne fonctionnent pas correctement. Il s'agit de cas d'espèce qui imposent d'être en DOS natif.
Pour ouvrir une fenêtre DOS, il suffit de lancer un programme de type .bat ou .com, ou le .exe d'une application DOS. Toutes les méthodes de lancement sont utilisables :
- double clic sur le nom du fichier ;
- double clic sur un raccourci ;
- entrée directe par Démarrer/Exécuter.
 

Les raccourcis pour les applications DOS ne portent pas l'extension lnk mais l'extension pif. Les propriétés d'un fichier .pif ne se limitent pas à celles du raccourci lui-même. Elles déterminent également le comportement de la fenêtre DOS et les caractéristiques de la fenêtre associée.

Tous ces paramètres peuvent être adaptés à ses propres besoins. Voir le chapitre consacré à la personnalisation du DOS.
Suivant le programme lancé, la fenêtre sera fugitive ou non et elle sera du type console (affichage de l'invite) ou applicative. Pour fermer la fenêtre DOS en mode console il faut utiliser la commande exit.
Quand on démarre la machine en DOS, il s'agit du DOS natif, c'est à dire du DOS en tant que système d'exploitation.
On peut s'y prendre de plusieurs manières :
- démarrer avec une disquette ou un CD d'amorce ;
- forcer le mode MS-DOS au démarrage ;
- redémarrer en mode MS-DOS.
Une disquette (ou un CD) d'amorce n'est pas forcément une disquette d'installation. Voir le chapitre Disquettes d'amorces consacré à ce sujet.
Il est possible de démarrer l'ordinateur en DOS par l'intermédiaire du Menu de démarrage. Celui-ci apparaît sur demande en pressant la touche F8 pendant la phase d'initialisation, ou systématiquement si le fichier msdos.sys contient la ligne :
bootmenu=1
Ce menu propose entre autres deux options de démarrage en mode MS-DOS, avec ou sans prise en charge du lecteur de CD.
À l'aide de ce même fichier on peut aussi inhiber le lancement de Windows avec la ligne :
bootgui=0
Dans un cas comme dans l'autre, il suffit de passer ultérieurement la commande win pour lancer Windows.
Lorsque l’on choisit l’option Redémarrer en Mode MS-DOS dans la boîte de dialogue Arrêter, Windows est déchargé et l’on retourne au DOS natif.
Il est important de signaler que la machine n’est toutefois pas réinitialisée. Les fichiers config.sys et autoexec.bat ne sont pas rechargés. On ne peut donc pas tester de cette manière des modifications qu’on y aurait apportées.
Il est également possible de redémarrer en mode DOS à l'aide d'un raccourci. Voir le chapitre personnalisation.